平成20年4月の改正は、経審の信頼性を高めるために虚偽申請の排除を目的とした施策がとられる一方「公共工事の企業評価における物差しとして、公正かつ実態に即した評価基準の確立」と「生産性の向上や経営の効率化に向けた企業の努力を評価、後押し」を行う目的でなされました。

平成13年7月に「消費税・地方消費税の申告書」の原本提示と「消費税納税証明書(その1納税額等証明用)」の提出が初めて義務付けられ、さらに平成16年4月19日付の告示「国土交通大臣に対してする経営規模等評価の申請および総合評定値の請求の時期および方法等を定める件」(国土交通省告示第482号)により確認資料として明確に期待されました。これは「一部に完成工事高を水増しして経審申請を行っている者がいると」と業界内部でうわさされていたことに対し、水増しができないよう措置したものです。誠実に申請している者にとっては負担が増えましたが、「不良・不適格業者の排除」徹底の一環としてやむをえない措置と言えます。

またこの措置とは別に、技術者数と完成工事高との相関が異常な申請についても個別に調査されるようになりました。業種ごとに技術者1人当たりの完成工事高に相関関係があることから、その幅を超えた完成工事高で申請している場合には、いわゆる丸投げがあるのではないかと疑われ、資料の提出を求められます。

平成14年7月からは、完成工事高評点X₁が微調整され、企業年金制度の改正にともなう審査項目の改正も行われました。さらに平成15年10月の改正により、建設産業の厳しい状況の中、企業努力によって完成工事高を伸ばした会社がより的確に評価されるよう完成工事高評点X₁は線刑式化されました。

平成16年3月から、公益法人改革の一環として、経営状況分析申請が指定機関から登録機関に移行されたことにより、従来の経審として行われていたものが、経営規模等評価申請と総合評定値請求の2つに分けられました。なお、従来「経営状況分析等終了通知書」とよばれていたものが「経営状況分析結果通知書」となりました。

総合評定値請求が申請者の選択とされたわけですが、公共工事の発注機関は国土交通省をはじめほとんどのところで総合評定通知書の提出を入札参加資格審査申請に義務付けており、申請者は必ず総合評定請求を行う必要があります。

平成18年には、完成工事高評点テーブルの見直し、防災に貢献する建設会社への加点措置がなされました。さらに平成20年1月31日の建設業法施行規則改正と告示により、同年4月の改正が行われました。